Investigação
O sistema de investigação tem como agência central de financiamento a Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT), que financia bolsas de doutoramento, emprego científico, projetos de investigação, unidades de investigação, laboratórios associados e laboratórios colaborativos, infraestruturas de investigação e cooperação internacional em investigação, seguindo práticas internacionais de avaliação e painéis internacionais.
A investigação nas universidades e politécnicos é essencialmente desenvolvida através de unidades de investigação (unidades de I&D), organizadas tematicamente. Em certos casos estas unidades de I&D têm o estatuto de Laboratório Associado, tipicamente unidades de maior dimensão e com uma missão pública no seguimento de um processo específico de avaliação e de financiamento. As unidades de I&D podem também fazer parte de Laboratórios Colaborativos em parceira com empresas privadas e outras organizações.
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Inovação
A Agência Nacional de Inovação (ANI) promove a transferência de conhecimento e promove a cooperação entre empresas e as instituições de produção de conhecimento, com financiamento específico. A ANI também promove a participação do sistema de C&T nacional e de empresas nacionais em redes internacionais de Investigação & Inovação, promove o investimento empresarial em I&I e um ambiente social favorável ao empreendedorismo tecnológico.
O IAPMEI é o principal organismo, no Ministério da Economia, com a missão de promover a competitividade e o crescimento empresarial, a inovação, empreendedorismo e investimento industrial.
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Ciência e Sociedade
A Agência Ciência Viva tem por missão promover o acesso generalizado à cultura científica para o exercício pleno da cidadania, organizando atividades para e com o público em geral, e em especial atividades com crianças e escolas. A FCT participata na ANI e Ciência Viva.
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Cooperação Internacional e o Programa-Quadro
Os programas de cooperação internacional incluem programas bilaterais com diferentes países em todo o mundo, a participação em infraestruturas internacionais de investigação (como o CERN ou a Agência Espacial Europeia), um programa específico de parcerias internacionais com universidades norte-americanas (Carnegie-Mellon University, MIT, University of Texas at Austin) bem como outras parcerias internacionais, nomeadamente no contexto do Programa Europeu Horizonte 2020 e no âmbito do processo de consolidação do Espaço Europeu de Investigação. O GPPQ é o gabinete dedicado a promover a participação no Programa Quadro Horizonte 2020 (e no futuro Programa Quadro Horizonte Europa).
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Fundos e Financiamento
O financiamento de atividades de investigação e inovação (incluindo as acima referidas) é fortemente apoiado por Fundos Estruturais da União Europeia. Estes fundos são geridos através do Ministério do Planeamento e Infraestruturas, e são também parcialmente distribuídos por Programas Operacionais Regionais, geridos pelas Comissões de Coordenação e Desenvolvimento Regional (Norte, Centro, Lisboa e Vale do Tejo, Alentejo e Algarve) e pelas Regiões Autónomas dos Açores e Madeira. Outras organizações privadas, como a Fundação Calouste Gulbenkian, têm também algumas oportunidades de financiamento de investigação.
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Outros Ministérios
Outros ministérios têm responsabilidades sobre atividades de investigação nos respetivos setores (saúde, defesa, agricultura), que são desenvolvidas em grande parte através dos Laboratórios do Estado setoriais.